オリゴプール一本鎖オリゴヌクレオチド(オリゴ)のコレクションまたはライブラリー。 とは、一本鎖の オリゴヌクレオチドヌクレオチド数が少なく、短くて直鎖状のDNAまたはRNA (オリゴ)のコレクションまたはライブラリのことです。オリゴプールは、 CRISPRCRISPR(Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats )は規則的に繰り返し現れるDNA断片です。 ライブラリー構築、遺伝子構築、ペプチド・蛋白質スクリーニング、ハイスループットなレポーターアッセイ、データ保存、FISH解析など多くの用途に使用されています。 クローン化オリゴプールベクターにクローニングされた二本鎖オリゴヌクレオチド。 は、ベクターにクローン化された二本鎖のオリゴです。
オリゴプールの品質は、実験の成功に極めて重要です。特に、オリゴプール合成時(図1b)やクローニング時(図1d)のエラーはオリゴプールの品質に影響を与え、不正確な配列につながる可能性があります。エラーを修正することは可能ですが(例えば、ターゲットヒットを検証するために、さらに下流の次世代シーケンス次世代シーケンス(NGS、Next generation sequencing) は、ゲノム全体、あるいはDNAやRNAの標的領域のヌクレオチドの順序を同時に決定できる強力な技術です。(NGS)を行うなど)、コストと時間がかかることがあります。エラーを最小限に抑え、ポリメラーゼ連鎖反応(Polymerase chain reaction、PCR)増幅条件をテストし、増幅に最も適したポリメラーゼとプライマーペアを選択し、クローニングワークフローを設計するという煩雑なステップを避けるために、ツイストバイオサイエンスは最適化したクローニングプロセスを開発しました1。このプロセスには、クローニング戦略の設計、シリコンプラットフォーム上での高度に均一で正確なオリゴプールの合成(図1b)、オリゴプールの増幅(図1c)およびクローニング(図1d)、そしてNGS検証(図1f)が含まれます。この最適化されたクローニングプロセスにより、ツイストバイオサイエンスは、合成したオリジナルオリゴプールの高い均一性(表1)と精度を維持した信頼性の高いクローニングと、プールの均一性とドロップアウトに関するNGS品質管理データを顧客に提供します。
表1. 製品の仕様 (Twist Bioscience、20231).
Oligo length | Up to 100 nt |
Yield | Starting at 50 µg |
Uniformity | >95% of target oligos represented |
Turnaround time | 6-8 weeks for new vectors, and 4-6 weeks for onboarded vectors |
図1. Twist Bioscience社の最適化されたクローニングプロセスのワークフロー。クローン化されたオリゴプールがTwist Bioscienceによって作られるまでは(g)、お客様はTwist Bioscienceに目的のオリゴ配列を提供するだけでよく(a)、Twist Bioscienceはその他のステップ(b-f)を担当することになります。(a) お客様によるオリゴプールライブラリーの設計。(b) Twist Bioscienceによる、シリコンプラットフォーム上でのオリゴプールの合成、クローニング戦略の設計、および合成。なお、お客様独自のベクターが必要な場合は、ベクターエンジニアリングはTwist Bioscienceが行います。(c) オリゴプールの増幅 。(d) オリゴプールのクローニングにより、(e) クローニングされたオリゴプールを形成します。 (f) NGS検証および品質管理。(g) 高品質なクローンオリゴプールを受領後、お客様は直接実験を行うことができます。
1Twist Bioscience. January 2023. Cloned Oligo Pools. Twist Bioscience. https://www.twistbioscience.com/resources/product-sheet/twist-cloned-oligo-pools