オリゴプール一本鎖オリゴヌクレオチド（オリゴ）のコレクションまたはライブラリー。 は、一本鎖 オリゴヌクレオチドヌクレオチド数が少なく、短くて直鎖状のDNAまたはRNA (オリゴ) のコレクションまたはライブラリです。オリゴプールは、 CRISPRCRISPR（Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats ）は規則的に繰り返し現れるDNA断片です。 ガイドRNA (sgRNAsgRNA（シングルガイドRNA）は、CRISPR技術において、目的の標的DNA領域を認識し、そこにCasヌクレアーゼを誘導して編集を行う特異的なRNA配列です。sgRNAは、標的DNAに相補的な17-20塩基配列であるcrispr RNA（crRNA）と、Casヌクレアーゼの結合足場となるtracr RNAの2つの部分から構成されています。) ライブラリーの生成、遺伝子構築、ペプチドおよびタンパク質のスクリーニング、ハイスループットレポーターアッセイ、データストレージ、FISH分析など、多くのアプリケーションに使用できます。
Twist Bioscienceによって製造されたオリゴ プールは、同社のシリコンベースの DNA合成技術を使用して合成されます (図 1)。この技術では、96ウェルプレートと同じフットプリントを持つシリコンチップを使用して、一度に100万個のオリゴシーケンスを生成します。各シリコンチップには数千個の個別のクラスターが含まれており、それぞれに固有のオリゴシーケンスを合成できる121の個別にアドレス指定可能な表面が含まれています (図 1bに挿入突然変異の一種で、DNAセグメントに1つ以上のヌクレオチドが付加されます。)。この技術により、Twist Bioscienceは、最大300塩基 (表1)、高い精度と均一性、および低いエラー率を備えたプールされたオリゴ配列をお届けします。
表1. オリゴプールの仕様 (Twist Bioscience、20231).
| Oligo length | 20-300 nt |
| Oligo pool size | No limits on pool size |
| Yield | >0.2 fmol per oligo |
| Uniformity | >90% oligos represented within <2.0x of the mean |
| Error rate | 1 : 2000 nt |
| Turnaround time | 5 business days |
図 1. Twist Bioscienceのオリゴ プール合成ワークフロー。シリコン チップは、b) の挿入図に示されています。ワークフローは6つの主なステップに分けることができます: (a) 目的の遺伝子の選択とこれらの遺伝子に対するsgRNAライブラリの設計、b) シリコンベースのプラットフォームでのオリゴプールをコードするsgRNAの化学合成、c) によるオリゴプールの増幅PCR、d) プール内の個々のオリゴを発現ベクターにクローニングして、e) プラスミド細菌やその他の微小生物に見られる小さな環状DNA。 ライブラリーNGSを行う場合に創るやつ。 プールを生成し、f) 配列決定と分析によるsgRNAの確認。
1Twist Bioscience. January 2023. Oligo Pools. Twist Bioscience. https://www.twistbioscience.com/resources/product-sheet/twist-oligo-pools