Twist Bioscienceのシリコンベースの合成プラットフォームは、研究者にこれまでの可能性を超えた能力を提供します。Twist Oligo プールは業界トップクラスのエラー率と均一性を備えています。これらをライブラリの構成要素として使用すると、バリアント間で比類のない表現が可能となり、可能な限り最高品質の製品が可能になります。また、Twist ライブラリはバリアントごとに 1 つのオリゴを使用すると考えることができるため、従来のライブラリ構築手法の制限を受けることなく、ライブラリ内のバリアントの正確なプロファイルを定義できます。コドン選択や各位置でのアミノ酸表現などを完全に自由に選択して、ライブラリ内の各バリアントのアイデンティティを制御できます。
アプリケーション
適切に構築された変異生物のゲノムの核酸配列の変化。ライブラリは、次のようなさまざまなタンパク質工学プロジェクトにとって非常に役立つツールとなります。
- CDRエンジニアリングによる抗体結合親和性の向上
- 酵素の親和性と安定性の最適化
- タンパク質ドメイン内の重要な残基の特定
- リガンドと受容体の結合を改善する
- 抗体親和性の成熟
- タンパク質構造の最適化
なぜTwist Bioscienceのライブラリーなのか
ライブラリーの良し悪しを考えるには、干し草の山から針を探すことを考えると良いでしょう。「干し草」とは低品質、オフターゲット、または不正確な突然変異のプールのことです。この中から針を探すことになります。一方で、Twist ライブラリは、針のスタックの中から針を探すようなもので、プール内の各バリアントが目的のバリアント プロファイルと一致するため、効率良くヒットを探すことができます。
エラープローン PCRPCR（Polymerase chain reaction、ポリメラーゼ連鎖反応）は、変性、オリゴヌクレオチドのアニーリング、および DNA ポリメラーゼ伸長のサイクルを繰り返すことによる核酸配列の酵素的増幅を伴う技術です。 では、目的の変異の一部のみが生成されますが、同時に多数のオフターゲット変異も生成されます。縮重ライブラリーはコドンテーブルの縮重によって制限され、理想的ではないコドン使用や望ましくない突然変異、および異なるアミノ酸の表現が不均一になる可能性のあるライブラリーを作成します。TRIMを使用すると、一般に、10 サイクル後の収率は 63% であり、15 サイクル後のin/delを含まない全長生成物は 50% 未満です。
Twist Bioscienceはより正確なアプローチを採用し、これらの問題を克服しました。
設計に厳密に一致するライブラリを構築できるだけでなく、NNK ライブラリや TRIM ライブラリで観察されるすべての問題を簡単に回避できます。各バリアントを塩基ごとにプリントし、合成前にスクリーニングできるため、終止コドン、不要なモチーフ、望ましくないバイアス、および全長生成物の低い割合を完全に排除できます。その結果、スクリーニングの負担を軽減し、望ましい機能的バリアントを豊富に得ることができます。
Twist Bioscienceのライブラリーでは、設計されたアミノ酸比を正確に一致させることができることに加えて、望ましい結合モチーフを組み込むことができ、マルチドメイン ライブラリー全体にわたって長さのバリエーションをシームレスに組み込むことができるという利点があります。
- Error-prone PCR & random mutagenesis
- 特定のヌクレオチドに偏る
- 同じバリアントをスクリーニングし、他の多くのバリアントを見逃している不均一なカバレッジとなる
- NNK/NNS
- ヌクレオチドとコドンの偏りがある。
- 終止コドンによりタンパク質が切断される
- TRIM, Trimer-based approach
- カップリング効率が低く、反復収率が低いため、一般的なライブラリーでは全長材料が 50% 未満になる。
- 不要なモチーフを削除ができない。できません 既知の機能モチーフを組み込むことができない
- Twist Library Technology
- より使いやすいバリエーションを生み出すことができる
- 開発上の問題を引き起こすバリアントを避けることができる
- 機能バリアントを濃縮できる
- 全長ライブラリの割合が高い
Twist Bioscienceのライブラリーポートフォリオ
Site (Saturation) Variant Libraries (SSVLs)：部位飽和変異体ライブラリー
変異導入するアミノ酸のポジションを1箇所ずつ指定できます。アミノ酸変異もしくはコドン変異を指定できます。（１配列中に同時複数箇所の変異導入の場合は、CVLかSOLDになります。）
1箇所ずつ、違うポジションのご指定もいただけます。48箇所・20種類までは2,400USDです。
Combinatorial Variant Libraries (CVLs)高多様性ライブラリー
2,000bpまでの配列に最大6ドメインに対して、最大1010の変異を導入することができます。
ドメイン数と多様性サイズにより金額が変わります。（参考価格：1ドメイン・105の多様性＝5,000USD）
多様性構成例
- 7ポジションそれぞれに20アミノ酸変異導入した場合 = 207 = 1,280,000,000（1.28×109)
- 14ポジションそれぞれに5アミノ酸変異導入した場合 = 514 = 6,103,515,625（6.1×109)
Spread out Low Diversity (SOLD) Libraries：低多様性ライブラリー
一つの配列中の80bpの範囲内の複数の箇所に1,000種類まで（※）の変異を導入できます。3,600USD〜
- 1,000種類までのため、例えば5 ポジションに各4AA変異を導入すると1,024種類になってしまうので、 条件オーバーになります。
ASTRIDEなら、アメリカドル価格でTwist Bioscienceのサービスが利用でき、日本円での見積・納品・請求書でのお取引も可能です。